监控Snakemake的RAM和CPU消耗

作者: 12345
发布时间: 2024-10-10 11:02:25 (9天前)
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如果 | 2019-08-31 10-32

<div class =“post-text”itemprop =“text”> <P> 我发现了 <a href="https://github.com/jeetsukumaran/Syrupy?fbclid=IwAR04RVp8BU99uHx75IlqstsGJQLz2vmpR8yU9i2DGfZhNz3Z_JCntADxUF4" rel="nofollow noreferrer"> 糖浆 </A> 在github上：python中的ps解析器，带有清晰的文档。 </p> </DIV>

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12345 | 2019-08-31 10-32

<div class =“post-text”itemprop =“text”> <P> 不知道任何已经执行此操作的程序，但您可以通过本机unix命令监视CPU和MEM使用情况， <a href="https://askubuntu.com/a/56286"> 这个帖子 </A> 给出了一个符合您要求的答案。 <BR/> 以下是针对此上下文修改的答案的摘要： </p> <P> 您可以使用此bash功能 </p> <pre> <code> logsnakemake() { while sleep 1; do ps -p $1 -o pcpu= -o pmem= ; done; } </code> </pre> <P> 您可以通过修改值来调整日志记录的频率 <code> sleep </code> 。 <BR/> 记录你的的<strong> snakemake </强> pid = 123的进程只需输入终端： </p> <pre> <code> $ logsnakemake 123 | tee /tmp/pid.log </code> </pre> </DIV>

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