您没有在任何地方设置SHA-256。
你应该使用类似的东西:
CryptoConfig.AddAlgorithm(typeof(RSAPKCS1SHA256SignatureDescription), @"http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#rsa-sha256");
但是,这仅适用于RSA证书。对于DSA证书,根据DSA证书参数选择哈希算法(很可能是SHA-1)。