您必须使用SQLServer 2008的数据库连接编写服务器端代码。根据您的要求,您必须使用哪个数据库。您可以在java中使用任何数据库。
对于使用Eclipse IDE在java中创建webservices,这里是非常好的教程 http://www.eclipse.org/webtools/community/tutorials/BottomUpAxis2WebService/bu_tutorial.html