我建议构建一个插件系统/体系结构 - 可以根据配置条目动态地按需加载程序集。但是,您可能需要编写一个单独的工具来进行打包以进行部署(即在bin文件夹中包含不同的程序集)。
你为什么不创造不同的解决方案?他们会共享一些程序集,并有一些解决方案独有的程序集。
您可以在TFS中为每个解决方案配置多个服务器构建,以便在仍然提交到一个源控件的同时轻松构建任何配置。您使用的任何其他构建系统也是如此。