我开始使用conda(‘abricate’,‘mlst’)安装的不同程序遇到麻烦,在@INC中无法找到File / Slurp.pm。这是在更换电脑后发生的……
看起来你搞砸了你的系统。
如果我正确解释消息,您至少有三个不同的Perl安装:
osvers=18.0
env -i CMD 启动 CMD 在空的环境中,它将删除您可能已配置的任何内容。所以 env -i perl -V 将在您的系统中找到“默认”perl,这是来自macOS Mojave安装的perl /usr/bin/perl 。
env -i CMD
CMD
env -i perl -V
/usr/bin/perl
但是perl不会导致错误消息,所以我们可以忽略它。
当你执行 conda ... 它似乎使用了perl 5.22.0 /anaconda3 。但与此同时,您已在该环境中安装了perl 5.26.2。我受过教育的猜测是:
conda ...
/anaconda3
conda install
所以你应该尝试的第一件事就是你跑的同一个终端 conda 在:
conda
$ which perl $ perl -V
如何解决这个问题?以下是我要尝试的事情:
conda update -c bioconda perl
conda remove -c bioconda perl
conda install -c bioconda perl
rm -rf /anaconda3
PATH
~/.bashrc