Projet Court (Sujet 2) :

Description :

Solvent accessible surface of a protein

Requirements :

Python3, Pandas, Argparse, Numpy, Scipy, Progressbar, Time

$ conda create -n proj_env
$ activate proj_env
$ conda install pandas
$ conda install -c conda-forge argparse
$ conda install -c anaconda numpy
$ conda install -c anaconda scipy
$ conda install -c conda-forge progressbar

System :

• Linux : This program works on a Linux environment.
• Windows : It also works on Windows.

Python Packages :

• Pandas
• Argparse
• Numpy
• Matplotlib
• Scipy
• Progressbar
• Time

Data files :

• The pdb file of the protein : 1b0q.pdb, 3i40.pdb

Programs :

• NACCESS

Script files :

main.py

acoord_atom.py

sph_dist

access_surf.py

time_complete.py

parse_rsa.py

comp_plot.py

Usage :

1. Cloning the repository :

   $ git clone https://github.com/hocinebib/Projet_Court_H-H.git

   you can also download the zip file than unzip it

2. Runing the code :

   $ python3 main.py pdbfile nbr_of_pts rsafile

Usage exemple :

$ cd Projet_Court_H-H
$ python3 src/main.py Data/1b0q.pdb 100 Data/1b0q.rsa

Result exemple :

Resultat pour la protéine 1b0q.pd avec 100 points par sphère.

asa = dictionnaire contenant les noms des residus en clef, et les surfaces accesible au solvant comme valeur.

Authors :

-Hocine Merouana

-Hager Elharty

-Sleheddine Kastalli